Cồn là dung dịch rượu etylic (C2H5OH) có khả năng thẩm thấu cao, cồn giết chết các vi sinh vật bằng cách biến tính Protein của chúng, cồn thấm xuyên qua màng tế bào đi sâu vào bên trong gây đông tụ protein và hòa tan lipid của chúng làm cho tế bào chết. Bản chất của tế bào là protein, protein lại cấu tạo từ các acid amin, các acid amin lại có các liên kết hydro giữa nhóm -NH2 và -COOH trong phân tử. Mà cồn lại là C2H5-OH, có liên kết H trong nhóm -OH, các liên kết H yếu sẽ hòa tan với nhau, làm cho tế bào của vi khuẩn bị phá hủy.
Các phân tích dưới đây cho thấy rằng không nên dùng cồn 90 độ để sát khuẩn:
Nếu cồn lớn hơn 75o thì nồng độ cồn quá cao làm cho protein trên bề mặt vi khuẩn đông cứng nhanh hình thành lớp vỏ cứng ngăn không cho cồn thấm tiếp vào bên trong nên làm đông thành tế bào của vi khuẩn khiến chúng có lớp màng bảo vệ, không đạt được mục đích diệt khuẩn, vi khuẩn không chết. Nếu nồng độ nhỏ hơn 75 độ thì hiệu quả sát trùng kém
Cồn 90 độ tuy mạnh nhưng tốc độ bay hơi nhanh hơn cồn 70 độ nên hiệu quả sát trùng không bằng cồn 70 độ bay hơi chậm hơn, có đủ thời gian cần thiết để sát trùng. Cồn 90 độ lại qúa đậm đặc, thoa vào vết thương gây rát, ngoài ra cồn 90 độ là chất dễ cháy, dễ bắt lửa, nên rất nguy hiểm khi có mặt trong các không gian làm việc như phòng khám nha khoa.